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【小鼠大学问】基因工程小鼠的命名规则

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基因工程小鼠的命名规则

有没有发明 ,当你在盘问或看paper时 ,往往会蹦出几个贼长的 ,还夹杂着数字、上标、符号的名称 ,好比:129-Trp53tm1Holl/J、FVB-Tg(PomcCre)5Brn...... 看上去很重大的样子。这些着实是基因工程小鼠的全名。

若是把这一长串字符解构一下 ,常见的基因工程小鼠可以分为两种命名方法:

基因定点修饰小鼠的命名

这一类小鼠的名称基本长这样:

image.png

下面我们对这些组成部分逐一说明~

品系配景

若是是在简单的小鼠配景上完成的基因修饰 ,并且在繁育历程中未引入其它品系 ,那么就可以以品系全称来体现。好比:

若是是在混淆品系配景上 ,那么可以用这几个品系(<3个)缩写 ,并以分号作为距离。分号前体现受体 ,分号后体现供体。好比:在一个来自C57BL/6与129杂交 ES 细胞系上定点敲除某个基因 ,就可以用B6;129体现。直至这个品系与 C57BL/6 小鼠回交至近交系水平 ,那么可以改写为B6.129。

若是供体品系是混淆配景或有未知泉源 ,那么回交至受体品系的近交系水平后 ,可以用.Cg来体现 ,好比:B6.Cg。

若是保存3个以上祖系或有未知泉源的混淆遗传配景 ,那么以STOCK来体现。

被修饰的基因

这里的基因名用的是 Gene Symbol。Gene Symbol 和 Gene Name 究竟有什么区别呢?

Gene Symbol 有以下特点:

Gene Name 则一样平常有以下特点:

举个例子你就明确啦 ,例如:

Shh 是 Gene Symbol ,而 sonic hedgehog 则是它的 Gene Name。

以是 ,若是你想查找某个基因的敲除品系 ,那么最好输入 Gene Symbol ,而不是 Gene Name 或者曾用名。

这里特殊提一下定点过表达的这类情形:

现在最常用的两个定点过表达的整合位点 ,一个 Rosa26位点 ,一个是 H11位点。

修饰方法(上标)

tm:关于 ES 细胞打靶途径获得品系 ,用 tm 体现 targeted mutation。

em :关于 CRISPR/Cas9 或 TALEN 等核酸酶系统介导的基因修饰品系 ,用 em 体现 endonuclease-mediated mutation。

编号(上标)

这里的编号是指在该实验室中 ,对该基因修饰的序列号。

例如:Trp53tm1Holl体现在Holl实验室对Trp53基因举行的第一次突变。

有时间会看到 tm1.1、tm1.2的情形 ,这是指条件性基因敲除(CKO)小鼠在与生殖系重组酶工具鼠交配后获得的子代小鼠品系 ,为了与亲代 CKO 小鼠(编号为 tm1)区分。而亲代 CKO 小鼠与其它组织特异性重组酶工具鼠交配的子代就不但独命名了。

插入结构(上标)

关于基因敲除和条件性基因敲除 ,在命名中一样平常不加入插入结构的部分 ,即编号后紧跟实验室代号。

例如:Trp53tm1Holl。

若是有敲入的基因 ,可以在括号内写出插入的外源基因。

例如:Cd19tm1(cre)Labcode体现在 Cd19基因中敲入 Cre基因。

若是敲入的是 RNAi ,那么把RNAi针对的靶点写进括号中。

例如: Genetm#(RNAi:Il23a)Labcode 。

实验室代号(上标)

一样平常实验室代号是机构名称的首字母缩写。

好比:

J 体现 The Jackson Laboratory;

Kyo 代表 Kyoto University ;

Smoc 代表上海南方模式生物;等等。

随机转基因小鼠的命名

这一类小鼠的名称基本长这样 ,命名中Tg代表 Transgene。

转入基因

在括号中填入转入的基因的启动子信息以及 Gene Symbol。

编号

指该实验室制备的转基因 founder 编号或系列编号。

若是使用转座子系统来制备转基因小鼠的话 ,那么命名时在 Tg 后面加上 Tn ,体现 transposable element。随后的括号内 ,一样平常需要包括:所使用的转座子系统缩写 ,以及构建的载体结构 ,两者用“-”链接:TgTn(transposon_class_abbreviation-vector)#Labcode。

例如:B6.Cg-TgTn(sb-lacZ,GFP)IF2Jtak/JtakRbrc ,其中 sb 是 sleeping beauty的缩写。

知道了基因工程小鼠的命名规则 ,你可能又要问了 ,名字这么长总不可每次都写全名吧?确实 ,通常在文章中对所用的基因工程小鼠举行表述时 ,我们可以接纳简写的方法。详细可以怎么写呢?

基因工程小鼠的一样平常简写方法

基因敲除

各人很熟悉了 ,可以划分用加、减号上标来体现 wildtype allele 与 mutant allele:

基因敲入

将敲入的元件写在上标里 ,例如:

转基因

一样平常直接写出表达的基因结构 ,例如:

条件性基因敲除

将 flox 作为上标体现 ,好比:

若是与普遍表达 Cre 或生殖系表达 Cre 工具鼠交配后获得了全身敲除的小鼠 ,那么可以按 KO 小鼠的规则来简写。

若是与组织特异性 Cre 小鼠交配 ,那么可以组合写成:Geneflox/flox;Cre。

若是文章中只用到一种组织特异性 Cre 工具鼠 ,也可以按 KO 的方法简写 ,即 Gene-/- 可以体现 flox 纯合子且 Cre 阳性小鼠。

若是有多种差别的 Cre ,那么就需要划分体现了。

例如:Tlr5 flox 小鼠划分与小肠上皮细胞(IEC)特异性 Cre(Vil-Cre)、 DC 细胞特异性 Cre(CD11c-Cre)交配的子代中爆发基因敲除的纯合子小鼠可以划分体现为 Tlr5flox/flox;Vil-Cre 和 Tlr5flox/flox;CD11c-Cre。若是以为这样写太贫困 ,也可以这样体现:Tlr5ΔIEC 和 Tlr5ΔDC。

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